Die Mendeley-Software ist ein Werkzeug zur Verwaltung von Referenzen, das es Benutzern ermöglicht, ihre Forschungspapiere zu organisieren und zu annotieren. Es verfügt über einen integrierten PDF-Viewer sowie die Möglichkeit, Referenzen aus verschiedenen Datenbanken zu importieren und zu exportieren. Mendeley bietet auch Kollaborationstools, mit denen Benutzer ihre Forschungsergebnisse mit Kollegen teilen und zusammenarbeiten können. Darüber hinaus kann die Software Zitate und Literaturverzeichnisse in verschiedenen Stilen generieren.